Die Kirche unterstand vermutlich seit ihrer Gründung dem Patronat der Schutzbar genannt Milchling, die sich um 1035 in Treis niederließen. Diese Familie besaß mit der Schutzherrschaft unter anderem auch das Vorschlagsrecht für die Besetzung der Pfarrstelle. Der Gerichtsbezirk Treis unterstand dagegen im 13. Jahrhundert den Herren Merenberg, später den Grafen von Nassau. Letztere belehnten die Schutzbar genannt Milchling zunächst mit Zweidritteln des Gerichts in Treis, ab 1505 verfügten die Schutzbar genannt Milchling über das ganze Gericht Treis als Lehen. In kirchlicher Hinsicht unterstand die Pfarrei Treis laut des Synodalregisters vom Ende des 14. Jahrhunderts gemeinsam mit den Nachbardörfern Sichertshausen, Dodenhausen sowie Ober- und Niederseilbach als Filialen dem Archidiakonat St. Stephan in Mainz.

Der hessische Landgraf Philipp der Großmütige hing als einer der ersten deutschen Fürsten der evangelischen Konfession an und engagierte sich intensiv für die Anerkennung und Verbreitung des neuen Glaubens. In Hessen setzte er bereits 1527 die Lehre Luthers durch, womit das Land zu einem Vorreiter der Reformation wurde. Zu den damit verbundenen Änderungen gehörte die Schaffung eines Kirchenvorstands und die Einführung der Konfirmation. 1622 änderte sich die Konfession in Treis nochmals für nur zwei Jahre. Der reformierte Landgraf Moritz, der während dieser Zeit in Oberhessen regierte, sorgte für die Vertreibung aller lutherischen Geistlichen und etablierte den reformierten Glauben. Aufgrund der Umstände des Dreißigjährigen Kriegs musste Moritz 1624 abziehen, was zur Wiedereinführung der lutherischen Lehre führte.